Luận án của các chương trình đào tạo tiến sĩ do Đại học Quốc gia Hà Nội cấp bằng hoặc cùng cấp bằng được đánh giá qua hai bước:
- Đánh giá luận án cấp cơ sở
Việc tổ chức đánh giá cấp cơ sở luận án được thực hiện tại khoa chuyên môn của trường đại học thành viên, bộ phận chuyên môn của viện, khoa và trung tâm Đại học Quốc gia Hà Nội (gọi chung là đơn vị thụ lí hồ sơ đánh giá cấp cơ sở). Đơn vị thụ lí hồ sơ đánh giá cấp cơ sở có trách nhiệm: đề nghị thủ trưởng đơn vị đào tạo quyết định thành lập hội đồng đánh giá cấp cơ sở luận án; tổ chức đánh giá cấp cơ sở luận án; hoàn thiện hồ sơ đề nghị chấm luận án tiến sĩ. - Chấm luận án cấp Đại học Quốc gia
Việc tổ chức chấm luận án cấp Đại học Quốc gia được phân công thực hiện như sau:- Các trường đại học thành viên nhận hồ sơ đề nghị chấm luận án của đơn vị mình; mời phản biện độc lập; quyết định thành lập hội đồng chấm luận án; tổ chức chấm luận án cho nghiên cứu sinh; trình Đại học Quốc gia Hà Nội hồ sơ luận án đã chấm phục vụ cho việc thẩm định luận án;
- Ban Đào tạo nhận hồ sơ đề nghị chấm luận án của các viện, khoa và trung tâm; mời phản biện độc lập; trình Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội quyết định thành lập hội đồng chấm luận án;
- Các viện, khoa và trung tâm tổ chức chấm luận án cho nghiên cứu sinh của đơn vị mình.