Triết lý giáo dục ở Khoa Toán - Cơ - Tin học phù hợp với triết lý giáo dục của trường ĐHKHTN và của Khoa Toán-Cơ-Tin học trong việc đào tạo sinh viên “chất lượng xuất sắc, học tập chủ động, đổi mới và sáng tạo, hợp tác”.
- Chất lượng xuất sắc: Được thể hiện qua chất lượng đội ngũ giảng viên, chất lượng sinh viên và chất lượng dạy và học.
- Học tập chủ động: Được thể hiện qua việc sinh viên tự lên kế hoạch học tập, chủ động lựa chọn học phần,thời gian học, chủ động đưa ra các vấn đề, câu hỏi để thào luận, giải quyết, chủ động chọn tự nghiên cứu một số nội dung học phần để thuyết trình, cũng như được chủ động lựa chọn định hướng chuyên môn sâu, nhằm kích thích sự say mê cũng như phù hợp với khả năng và nhu cầu của bản thân người học, chủ động chọn, hình thành nhóm thực hiện các hoạt động học tập.
- Đổi mới và sáng tạo, hợp tác: Được thể hiện ở việc áp dụng, sáng tạo các phương pháp dạy và học mới, hiện đại như làm việc theo nhóm, thảo luận, thuyết trình, thực hiện các bài tập thực tế, thực tập tại các tổ chức, doanh nghiệp, qua đó giúp sinh viên làm quen với các bài toán thực tế, hiểu được mối liên hệ chặt chẽ giữa lý thuyết với thực tế, nhờ đó nắm chắc kiến thức hơn và tạo cho sinh viên cơ hội được vận dụng các kiến thức đã được học vào giải quyết các vấn đề thực tiễn. Ngoài ra, sinh viên được khuyến khích tham gia các hoạt động nghiên cứu khoa học như tham gia câu lạc bộ khoa học sinh viên, làm tiểu luận khoa học, báo cáo ở các hội nghị khoa học, làm nghiên cứu khoa học từ năm thứ ba và khóa luận tốt nghiệp năm thứ tư.