- Luận án là công trình khoa học thuộc bí mật quốc gia được tổ chức đánh giá và bảo vệ theo chế độ mật. Việc xem xét cho phép luận án được đánh giá và bảo vệ theo chế độ mật được tiến hành trước khi đánh giá luận án ở cấp cơ sở. Thủ trưởng đơn vị đào tạo có văn bản trình bày những lí do phải bảo vệ mật để Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội xem xét quyết định.
- Hồ sơ đề nghị cho phép đánh giá và chấm luận án theo chế độ mật gồm có:
- Công văn đề nghị của đơn vị đào tạo;
- Công văn đề nghị của cơ quan có thẩm quyền sẽ sử dụng kết quả nghiên cứu của luận án;
- Dự kiến danh sách thành viên hội đồng cấp cơ sở đánh giá luận án và hội đồng chấm luận án; danh sách những cán bộ ngoài hội đồng được mời tham dự; danh sách những cơ quan, đơn vị và những cá nhân được gửi luận án và tóm tắt luận án (kể cả những đơn vị và những cá nhân có trách nhiệm thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội). Những danh sách này phải được các cơ quan có liên quan đến việc bảo mật thẩm định và đề nghị.
- Sau khi có văn bản của Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội cho phép luận án được đánh giá và bảo vệ theo chế độ mật, đơn vị đào tạo thông báo cho nghiên cứu sinh và cán bộ hướng dẫn biết. Số lượng bản thảo luận án, tóm tắt luận án cũng như các bản luận án, tóm tắt luận án chính thức phải được xác định. Các tài liệu trên phải đóng dấu mật.
- Chỉ gửi luận án và tóm tắt luận án cho những cơ quan, đơn vị và những cá nhân trong danh sách đã được ấn định. Toàn bộ hồ sơ buổi đánh giá và buổi bảo vệ mật được quản lí theo Quy chế bảo mật của Nhà nước.
- Trình tự buổi đánh giá và bảo vệ mật cũng được tiến hành như đánh giá và bảo vệ công khai. Thời gian, địa điểm đánh giá và bảo vệ chỉ được thông báo cho những người có trách nhiệm và những người được phép tham dự biết, không đăng báo công khai.
- Ngoài các quy định trên đây, nghiên cứu sinh có luận án được đánh giá và bảo vệ theo chế độ mật vẫn phải thực hiện các quy định chung đối với nghiên cứu sinh.