Khoa Toán - Cơ - Tin học có 9 chương trình đào tạo tiến sĩ, trong đó có 7 chương trình ngành Toán học thuộc các chuyên ngành:
- Cơ sở toán học cho tin học
- Đại số và lí thuyết số
- Hình học - Tôpô
- Phương trình vi phân và tích phân
- Toán giải tích
- Toán ứng dụng
- Lý thuyết xác suất và thống kê toán học
2 chương trình ngành Cơ học thuộc các chuyên ngành: