- Trong thời gian không quá 3 tháng kể từ khi luận án được thông qua ở cấp cơ sở, căn cứ vào kết quả đánh giá và kết luận của hội đồng đánh giá luận án cấp cơ sở, nghiên cứu sinh hoàn thành việc sửa chữa luận án và đơn vị thụ lí hồ sơ đánh giá cấp cơ sở có trách nhiệm kiểm tra, xác nhận, chuyển hồ sơ về bộ phận quản lí đào tạo sau đại học của đơn vị đối với nghiên cứu sinh của các trường đại học thành viên hoặc về Ban Đào tạo đối với nghiên cứu sinh của các viện, khoa và trung tâm (sau đây gọi chung là các đơn vị thụ lí hồ sơ chấm luận án) để thẩm định và chuẩn bị các thủ tục để chấm luận án cho nghiên cứu sinh.
- Đơn vị thụ lí hồ sơ chấm luận án mời phản biện độc lập đọc luận án. Phản biện độc lập là những nhà khoa học có phẩm chất và đạo đức tốt, có trình độ chuyên môn vững vàng trong lĩnh vực đề tài luận án của nghiên cứu sinh, có uy tín khoa học cao, có chính kiến và bản lĩnh khoa học. Ý kiến của phản biện độc lập có giá trị tư vấn cho Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội, hiệu trưởng các trường đại học thành viên trong việc xem xét, quyết định thành lập hội đồng chấm luận án cho nghiên cứu sinh.
- Đơn vị thụ lí hồ sơ chấm luận án có trách nhiệm bảo mật tên của phản biện độc lập. Nghiên cứu sinh và người hướng dẫn nghiên cứu sinh không được tìm hiểu, tiếp xúc hoặc trao đổi với phản biện độc lập bằng bất kì hình thức nào.
Phản biện độc lập có nhiệm vụ đọc kĩ luận án, các công trình khoa học đã công bố của nghiên cứu sinh và có ý kiến đánh giá về giá trị khoa học, những đóng góp, đặc biệt đóng góp mới, của luận án cho lĩnh vực khoa học chuyên ngành; những điểm đúng, những điểm sai của luận án; sự phù hợp của đề tài luận án với mã số chuyên ngành; sự không trùng lặp của đề tài, số liệu, kết quả nghiên cứu, kết luận của luận án với các đề tài, luận án, luận văn, công trình khoa học khác; tính trung thực, rõ ràng và đầy đủ trong trích dẫn; sự phản ánh kết quả luận án trong những công trình đã công bố; nhận định về chất lượng công trình những công trình đã công bố; những yêu cầu đòi hỏi nghiên cứu sinh phải bổ sung, hoàn chỉnh luận án. Để kết luận, phản biện độc lập cần cho ý kiến đồng ý, hoặc đồng ý nhưng cần bổ sung, hoàn chỉnh, hoặc không đồng ý để luận án được đưa ra hội đồng chấm luận án. Phản biện độc lập không tiếp xúc với nghiên cứu sinh hay cán bộ hướng dẫn cho đến khi công việc phản biện độc lập hoàn tất. Mọi yêu cầu của phản biện độc lập và giải trình của nghiên cứu sinh, cán bộ hướng dẫn đều phải thông qua bộ phận quản lí của đơn vị thụ lí hồ sơ chấm luận án - Xử lí kết quả phản biện độc lập luận án
- Nếu cả hai phản biện độc lập đều đồng ý cho luận án được đưa ra hội đồng chấm luận án, toàn văn bản nhận xét của phản biện độc lập (không có tên người phản biện) được gửi cho đơn vị thụ lí hồ sơ luận án để yêu cầu nghiên cứu sinh tiếp thu sửa chữa theo các ý kiến đóng góp của phản biện độc lập hoặc giải thích nhằm bảo lưu quan điểm của mình và tiến hành thủ tục chấm luận án.
- Khi có một phản biện độc lập không tán thành luận án, Thủ trưởng đơn vị đào tạo gửi luận án xin ý kiến của phản biện độc lập thứ ba. Nếu phản biện độc lập thứ ba tán thành luận án thì luận án được đưa ra bảo vệ ở cấp Đại học Quốc gia.
- Luận án bị trả về để đánh giá lại ở cấp cơ sở nếu cả hai phản biện độc lập đầu tiên không tán thành luận án, hoặc phản biện thứ ba không tán thành khi luận án phải lấy ý kiến của phản biện thứ ba. Trường hợp này, luận án phải được chỉnh sửa và tổ chức bảo vệ lại ở cấp cơ sở. Nghiên cứu sinh chỉ được phép trình lại hồ sơ đề nghị bảo vệ sớm nhất sau sáu tháng và muộn nhất là hai năm kể từ ngày luận án bị trả lại. Luận án sau khi sửa chữa phải được lấy ý kiến của các phản biện độc lập lần đầu.
